[단독]中企 경영 악화에…R&D 지원금 5년간 274억 회수 못해

#중소기업 A 사는 전자투표 시스템 개발 과제로 2021년 중소기업 연구개발(R&D) 지원금 4억 원을 받았으나 이후 휴·폐업 절차를 밟으며 4년 동안 지원금을 국가에 미납 중이다.

#중소기업 B 사는 고령자 인지장애 분석 시스템 개발 과제로 R&D 지원금 3억 원을 받았으나 현재 휴폐업 절차로 지원금 반환 가능성이 불투명하다.

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정부가 중소기업의 국가연구개발과제 지원을 위해 지급하는 R&D 지원금이 최근 5년 간 270억 원 넘게 회수되지 못하고 있는 것으로 나타났다. 과제 종료 후 남은 금액은 국고로 반환돼야 하지만 매년 수십 억 원이 회수되지 못해 미납금으로 남는 것이다. 경기 악화 등으로 인해 중소기업들이 파산하거나 휴·폐업한 여파로 풀이된다. 야당은 연구 지원금 지급 시 관리 체계를 강화해야 한다고 지적했다.

● 잠자고 있는 중소기업 R&D 미납금 5년간 274억

29일 국회 산업통상자원중소벤처기업위원회 소속 국민의힘 이철규 의원이 중소벤처기업부와 중소기업기술정보진흥원(이하 기정원)으로부터 확보한 자료에 따르면 기정원은 지난 5년간 689개 사업에 R&D 지원금으로 총 1711억 원을 투자했다. 기정원은 중기부 산하 전문기관으로 중소기업의 국가연구개발사업을 지원한다.

문제는 국가연구개발사업이 끝나면 기정원은 중소기업들로부터 집행 잔액 등을 돌려받아 국고에 반환해야 하는데 회수율이 2.8% 수준에 그친다는 것이다. 이 의원에 따르면 5년간 지원한 689개 사업을 대상으로 총 282억 원의 정산금이 발생했으나 이 중 8억 원만 회수됐다. 반면 기정원이 회수하지 못한 연구개발비 및 기술료는 총 274억 원에 달한다.

연도별로 기정원이 회수하지 못한 연구개발비 및 기술료는 2021년 약 39억 원(64건), 2022년 69억 원(175건), 2023년 약 11억 원(61건), 2024년 약 55억 원(165건), 2025년 9월 기준 약 97억 원(224건)이었다.

● 미납 건수의 90%가 경영악화 여파

이처럼 중소기업들이 정부에 R&D 지원금을 반납하지 못하는 데는 경영악화의 여파가 큰 것으로 분석된다. 이 의원에 따르면 5년간 중소기업들의 납부 지체 사유로는 휴폐업·파산·청산 366건으로 절반 이상을 차지했다. 이후 경영악화 255건, 기업회생 15건, 단순미납 등 기타 사유 53건 등이었다.

기정원은 현행법에 따라 최장 5년 내에 현실적으로 강제 징수가 불가능하다고 판단하면 채무를 면제할 수 있다. 이에 지난 5년간 발생한 수백 억 원 대의 미납금이 면제될 가능성이 높은 것이다.

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25일 오전 서울 여의도 국회 산업통상자원중소벤처기업위원회 전체회의에서 이철규 위원장이 발언하고 있다. 2025.09.25 뉴시스

이 의원은 “중소기업의 혁신 성장을 위해 유망 기업 지원이 필요하나, 폐업, 부도, 경영악화 와 같은 사유로 과제가 끝난 후 남은 금액 등 연구비의 정산금 미납 사례가 급증하고 있다”며 “미납금 최소화를 위해 연구비 지급 시 교육을 의무화하고 수행 과정 모니터링 등 관리 체계를 더욱 강화하여 매몰 비용 발생을 방지할 필요가 있다”고 밝혔다.