반도체 등 年2조 ‘전략기술 세액공제’ 연장 검토

정부, 내년말 일몰前 연구용역 실시
세액환급 도입 등 제도 개선도 고려

정부가 내년 말 종료되는 국가전략기술 세액공제 제도를 연장하는 방안을 검토한다. 국가전략기술 세액공제는 국가안보 차원에서 중요성이 인정되는 기술 투자를 진행한 기업의 세액을 공제해주는 제도다. 올해만 반도체 기업을 중심으로 2조 원 가까운 혜택이 예상된다.

25일 기획재정부에 따르면 내년 말 일몰 예정인 국가전략기술 세액공제 제도 연장과 관련된 연구용역을 내년에 진행한다. 연간 조세 감면액이 300억 원 이상인 특례에 대해서는 의무적으로 심층평가를 거쳐야 하기 때문이다.

현재 국가전략기술로 반도체, 2차전지, 백신, 디스플레이 등의 기술이 지정돼 있다. 해당 기술의 경우 사업화를 위한 시설투자 비용의 15%(중소기업 25%), 연구개발(R&D) 비용의 30∼50%에 대해 세액을 공제받을 수 있다. 최상목 부총리 겸 기재부 장관 후보자가 국회에 제출한 인사청문 서면답변서에 따르면 올해 국가전략기술 R&D 비용 세액공제 규모는 1조1968억 원으로 추산된다. 시설 투자 등 통합투자 세액공제 7500억 원을 더하면 총 1조9468억 원의 세금이 공제되는 것이다. 공제액 중에서는 반도체 기술이 차지하는 비중이 가장 크다.

정부는 제도 자체를 개선하는 방안도 검토 중이다. 현재의 국가전략기술 세액공제는 시설 투자에 대해 법인세를 공제해주는 방식이다. 이에 따라 투자를 하고도 영업이익을 내지 못한 기업은 혜택을 받을 수 없는 한계가 있다. 이를 개선하기 위해 공제받지 못한 세액에 상당하는 금액을 되돌려주는 방안을 살펴보겠다는 것이다. 기재부 관계자는 “제도 연장 여부를 결정하기 위한 연구용역을 내년에 실시하면서 제도 개선 방안도 함께 살펴볼 계획”이라고 말했다.

세종=김도형 기자 dodo@donga.com