코로나에 ‘세금폭탄’까지 덮친 대학가 ‘울상’

일부 대학 산학협력단 건물, 5년치 재산세 소급 통보받아
교육부 “교육목적일 땐 稅감면”
지자체 “교육시설로 볼 수 없어”

“작년까지만 해도 아무 말이 없었는데, 올해 갑자기 지난 5년 치 재산세를 한꺼번에 내라니 너무 황당하죠.”(A대학 관계자)

최근 일부 대학이 관할 구청으로부터 돌연 날아든 재산세 고지서에 아연실색하고 있다. 대학들이 ‘세금 폭탄’을 맞게 된 대상은 각 대학이 학생들의 산업 연계 학문 역량을 높이기 위해 운영해온 ‘산학협력단’ 건물. 산학협력단 건물에 대해 5년 치 재산세를 부과받은 건 B대학도 마찬가지다. B대학 관계자는 “구청으로부터 이달 중으로 수천만 원 상당의 재산세 고지서가 발부될 것이라는 연락을 받았다”며 “가뜩이나 재정난에 직원 규모마저 줄이는 판인데 어떻게 해야 할지 모르겠다”고 토로했다.

본래 대학 건물은 영리가 아닌 교육 목적으로 사용되는 만큼 재산세가 감면된다. 하지만 최근 몇 년 새 지방자치단체들이 “산학협력단 건물은 교육 시설이라고 볼 수 없다”며 재산세를 부과하는 경우가 이어지고 있다. 특히 처음 재산세를 부과하는 지자체들이 5년의 부과제척기간을 적용하는 바람에 대학들은 졸지에 5년 치 세금을 소급해 한꺼번에 내야 하는 상황이다.

산학협력단 건물에 대한 세금 부과를 둘러싼 대학과 지자체의 갈등은 2011년으로 거슬러 올라간다. 경기 시흥시가 관내 한국산업기술대의 창업보육센터에 대해 억대의 재산세를 부과하면서 양측이 법정 공방을 벌인 것. 1심은 재산세 부과가 정당하다고 했으나 2심은 이를 뒤집어 재산세를 부과할 수 없다고 판시했다. 그러나 대법원이 2015년 이를 다시 뒤집어 “국립대가 아닌 사립대가 운영하는 창업보육센터는 교육과 연구 목적이 아니라서 재산세 부과 대상이 맞다”고 판결했다.

산업과 대학이 만난 ‘창업보육센터’ 및 ‘산학협력단’의 정체성에 대해 당시 교육부는 “이들 기관은 교육 목적이라 감세해야 한다”는 입장이었던 반면 행정자치부(현 행정안전부)는 “일반인에게 일부 임대료를 받는 만큼 면세해줄 수 없다”고 맞서 정부 부처 간에도 견해차가 컸다.

대법원 판결 이후 지자체들은 “대법원 결정이니 따라야 한다”며 대학 산단 건물에 적극적으로 세금을 부과하고 있다. C구청 관계자는 “최근 서울시청 세무조사에서도 그간 대학 산단에 재산세를 부과하지 않은 구청들은 시정해야 한다는 지적을 받았다”고 전했다.

대학들은 여전히 산학협력단이 교육 목적이 아니라는 데 동의할 수 없다는 입장이다. D대학 산학협력단 관계자는 “정부가 처음 산학협력을 독려할 때는 교육적 시너지를 강조하더니 해가 갈수록 세금을 매기기 위해 정책 기조를 바꾸는 것 같다”며 “대학의 교육 기능을 주목하기보다는 영리 목적으로만 산학협력을 보는 듯해 안타깝다”고 말했다.

대학들은 지자체들이 대법원 판례만 앞세워 산단 활성화를 막는다며 교육부가 적극적인 대책을 마련해주길 기대하고 있다. 그러나 교육부는 “지방세특례제한법에 산단이 교육용 목적이라는 걸 증명하면 재산세를 75%까지 감면해줄 수 있게 해놨다”며 “교육부는 이미 법을 만들었으니 산단이 교육용이라는 걸 소명하고 법을 적용받는 건 대학들이 할 일”이라고 선을 그었다.

임우선 기자 imsun@donga.com