서울시-메트로9 ‘취득세 싸움’… 메트로9가 웃었다

“23억원 부과 처분 취소”… 대법원, 원심 확정 판결

서울시가 지하철 9호선을 운영하는 서울시메트로9㈜에 엉뚱하게 부과한 취득세 등 23억8000여만 원을 돌려준 사실이 뒤늦게 확인됐다. 2억4000여만 원의 환급이자 역시 시가 고스란히 부담했다.

4일 시와 메트로9㈜, 강서구에 따르면 2010년 메트로9㈜가 강서구를 상대로 제기한 취득세 등 부과처분 취소소송에서 대법원 2부(주심 김용덕 대법관)는 3월 말 “메트로9㈜가 납부한 취득세 21억6595만4040원과 농어촌특별세 2억1659만5400원의 부과 처분을 취소한다”는 원심을 확정했다. 이에 따라 시세(市稅)에 속하는 취득세 등 부과가 취소된 세금은 시에서 4월 초 환급한 것으로 확인됐다.

2009년 당시 시는 “메트로9㈜가 현대로템으로부터 인수한 전동차 96량(1083억 원 상당)이 과세대상”이라고 통보한 뒤 취득세 등 23억8000여만 원을 징수했다. 이에 메트로9㈜는 “취득세 납부 의무가 없다”며 소송을 냈다. 2010년 11월 서울행정법원은 시와 메트로9㈜가 맺은 실시협약을 근거로 “메트로9㈜는 전동차 시운전을 마쳐 협약상 의무를 이행하려 한 것이지 전동차를 인수한 게 아니다”라며 부과 처분 취소 판결한 바 있다. 협약서에 따르면 도시철도는 준공과 동시에 서울시에 귀속된다고 규정했고 사업을 위해 취득하는 자산은 취득세， 등록세 등을 부과하지 않는다고 정한 바 있다.

메트로9㈜는 실시협약에 따라 운임자율징수권을 갖고 있는데도 2009년 개통 당시 시가 일방적으로 낮은 요금을 책정한 뒤 인상을 억제해 왔다고 주장하며 4월 “500원 요금 인상” 방안을 발표해 시와 마찰을 빚었다. 이후 시의 강경 대응에 요금 인상은 유보했지만 지난달 시를 상대로 “요금자율징수권을 보장해 달라”는 운임신고 반려처분 취소 청구소송을 제기했다.

강경석 기자 coolup@donga.com