2007년 2차 남북정상회담 대화록을 폐기한 혐의로 기소된 백종천 전 대통령외교안보실장과 조명균 전 대통령안보정책비서관에게 무죄가 선고됐다. 서울중앙지법은 이들이 삭제했다는 대화록 초본을 대통령기록물로 볼 수 없다고 판단했다. 결재권자인 노무현 전 대통령이 전자결재와 서명을 하지 않고 ‘재검토·수정’ 지시를 내렸으므로 문서가 생성된 것으로 볼 수 없다는 것이다. ‘사초(史草) 폐기’ 논란으로 번진 정치적 사건에 대해 다분히 법리적 판단을 내린 것으로 볼 수 있다.
판결이 나오자 노무현재단 측은 “정치 검찰의 표적 수사에 대한 사법부의 엄중한 경고”라고 공세를 폈지만 남북정상회담 대화록 파기와 국가기록원 미(未)이관은 전적으로 노 전 대통령의 지시에 따라 이뤄졌다고 봐야 한다. 하지만 사자(死者)는 말이 없기 때문에 검찰의 기소는 초본 삭제와 관련해 전자문서를 파기한 것을 문제 삼는 데 그쳤다. 대화록 수정본을 국가기록원에 이관하지 않은 것은 처벌 규정이 없어 기소조차 되지 않았다.
그러나 대통령기록물관리법에 따르면 대통령의 직무 수행과 관련된 모든 과정과 결과는 반드시 기록물로 생산해 관리해야 하고, 이들 기록물은 대통령기록관으로 이관해 보존해야 한다. 1심 법원의 결론이 과연 타당한지 상급심의 판단을 받아 볼 필요가 있다.
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노 전 대통령 측은 초본을 폐기하고 수정본이 들어 있는 이지원(청와대 문서관리 시스템)을 봉하마을로 가져갔다가 문제가 되자 반납했다. 법원이 두 사람에게 무죄를 선고했다고 해서 노 전 대통령이 정치적으로 면책되는 것은 아니다.