대학원은 매년 석·박사 과정에 75명을 뽑아 모두 300명 정원으로 운영된다. 정보, 생명, 나노, 우주, 환경기술 등 5개 분야의 전공과정이 개설되며, 교수는 출연연구소의 박사급 연구원이 겸직한다.