正在進行人員減縮等組織改編的政府部門掀起了“無聲的戰爭”。
總統職接管委員會通過行政自治部要求高強度的“組織簡化”後，被指定合併的各部門為了儘量減少縮小規模，寸步不讓保持了對立姿勢。
為此，行政自治部所屬的政府只能組織改編促進組要求各部門，到29日為止提出具體的組織改編草案，但是公平交易委員會、勞動部等一些部門以外，大部分的部門都未能遵守時限。
但是，一方面由於盧武玄總統發表聲明要拒絕政府組織法的修訂草案，形勢變得非常複雜。於是，一些部門表現出要採取拖延時間的措施。
○ 你死我活！
對於必須要提出一個組織改編草案的合併預定部門，此次協商真可謂是有關生死的問題。因為，實力較弱的一方要更多地縮減人員和職能。
合併為企劃財政部的財政經濟部和企劃預算處，雖然為組織改編問題召開了數次協商，但是不僅沒能減少意見分歧，反而發展成情感糾紛問題。財經部的有關人士表示：“以前在財政經濟院的時候，預算處只不過是一個科室，而現政府出臺後逐漸壯大實力，竟然要求以同樣的比例減員的1對1，對等合併。真不知道能否切實準備單一草案。”
然而，預算處反駁道：“分析接管委員會發表的政府組織改編資料，財經部歸入到預算處。說實話，財經部的職能到處分散在各處。”
財經部就“每50件經濟條例，減縮1%人力”的原則，與金融監督委員會發生了糾紛。財經部認為，金融監督委員會應該在條例數量中，包括淪為金融監督委員會的有關金融政策的條例而制定人員減縮計畫。但是，金融監督委員會方面反駁說“不成體統”。
建設交通部，將會與海洋水產部的海洋開發、海運物流等職能合併成國土海洋部，這樣建設交通部的4100多名、海洋部的2100多名，共為6200多名的員工將會減少到5600名~5700名左右。建設交通部的有關人員表示不滿地說：“海洋部要求將現在的員工保持不變，這像不像話？”
○ 都不敢議論的部署
統一部和外交通商部期待著“取消合併”而觀察政治圈的動態。合併部署外交通商部方面表示：“不管怎樣，總會提出組織改編草案的”，與此相反，被合併的統一部則表現出不同的態度，表示“很難遵守提出時限”。
另一方面，吸收海洋部的漁業水產政策而擴大到農水產食品部的農林部，還不敢與海洋部討論人力減縮等問題。農林部的有關人員透露：“海洋部長官、次官等為了顛覆廢除部門而東奔西跑，所以還未能與海洋部進行意見調節。”從業務部門數次接到了過繼到農林部的人力和組織情況等，可每次的資料都不一樣。
將會吸收資訊通訊部的數碼內容政策和國政宣傳處--海外宣傳職能的文化旅遊部的有關人士坦言道：“對於資訊通訊部和國政宣傳處到底有多少人‘過繼’，尚未進行具體協定，所以就組織改編問題還沒能做出整體部署。”
目前，總理室需要將原先的622名人員縮減到300名。總理室坦言，屢次制定出縮減草案，但怎麼也達不到接管委員會所提示的目標。
另外，吸收科學技術部一些職能的教員人才資源部表示，科技部堅持要把規定轉承到產業資源部和預算處的職能全部帶到教育部。為此，教育部表現出了困惑的態度。
○ 對於國政空白的憂慮也逐漸增多
隨著組織改編問題經歷如此煩瑣，公務員們都不敢仔細分析重要現案。經濟部署的某公務員表示，“合併部署後很可能會丟掉自己的位置，所以診斷事案而準備對策都覺得空虛。”
於是，有很多輿論擔憂，針對美國房屋貸款不良的對策、美國利息下跌影響的分析、韓美自由貿易協定（FTA）批准草案的處理等堆積如山的現案未能合理對應，唯恐出現國政空白現象。
金融當局的某位人士表示：“在中止樹立中長期業務計畫的情況下，只辦理一些基本的業務。已經有很長時間沒有召開決定重要政策的幹部會議。”
部署合併即將實施之際，某部署的革新人士企劃官表示：“先不準備人員調整，大家都在觀察其他部署的動向。真沒想到，有很多官員認為，新政府出臺後政府職能很難正常運作。”
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