[단독]대기업에 혜택 집중 ‘R&D 세액공제’ 대폭 축소 나선다

■ 정부, 연말 종료 96개 지원책 점검하는 까닭은?

정부가 최근 2년 사이 조세 감면이 급증한 ‘연구개발(R&D) 비용 세액공제’에 대해 감면폭 축소에 나선다. 2009년 신성장동력 및 원천기술 R&D 개발을 지원하기 위해 R&D 투자를 많이 한 기업의 세금을 대폭 깎아줬지만 혜택이 일부 대기업에만 집중되고 관련 제도를 악용하는 사례까지 있다는 지적 때문이다.

기획재정부 관계자는 17일 “세계 최고 수준의 R&D 세제지원책을 마련해 투자를 이끌어내는 효과가 있었지만 세금 감면이 일부에 편중됐고 감면폭도 짧은 기간에 급격히 늘었다”며 “올해 관련 제도 종료 시점이 돌아오는 만큼 세제지원 효과를 면밀히 점검해 R&D 세액공제 혜택 축소도 검토하겠다”고 밝혔다. 총선에서 과반 의석을 차지한 새누리당과 정부 모두 비과세 감면제도에 대한 정비 방침을 밝힌 만큼 감면 폭이 크고 주로 대기업에 혜택이 많이 돌아가는 제도부터 손을 보겠다는 의지를 내비친 것이다.

2010년부터 시행된 R&D 세제지원 확대 정책은 신성장동력 및 원천기술 분야의 R&D 육성을 위해 대기업은 R&D 비용의 20%, 중소기업은 30%를 법인세에서 공제해 주는 제도다. 3년 시한으로 올해 말 원칙적으로 종료된다.

과거 R&D 세액공제율이 최대 6%였고 ‘대기업 보조금’이라는 비판을 받았던 임시투자세액공제의 공제율이 7%였던 점을 감안하면 파격적인 혜택이다. 재정부에 따르면 2010년 1조8571억 원이던 R&D 세제감면액은 올해 2조5994억 원으로까지 늘어날 것으로 추정된다. 단일 비과세 감면 조항 중 가장 큰 규모다.

문제는 R&D 세제지원책의 특성상 혜택이 대기업에 몰리고 세액공제 혜택을 늘리려고 이 제도를 악용하는 사례까지 발생한다는 점이다. 한국과학기술기획평가원에 따르면 2010년 국내 기업의 R&D 비용 32조8032억 원 가운데 대기업 비중은 73.8%(24조2129억 원)에 이르렀다. 같은 해 대기업의 R&D 투자가 전년 대비 21% 증가한 반면 중소기업은 4.8% 증가에 그쳐 ‘R&D 양극화’가 두드러졌다. 한국산업기술진흥협회는 1월 발간한 백서에서 “국내 신성장동력 산업정책이 주요 기술에 대한 R&D 지원에 지나치게 집중되면서 기업의 투자 및 고용 확대로 이어지지 않고 있다”고 분석했다. 이 밖에 연구원 인건비 위주로 공제혜택이 주어지는 점을 악용해 연구원 한두 명을 구색 맞추기로 넣고 관련 부서 전체를 R&D 부서로 포장해 해당 인력 전원의 인건비를 공제받는 사례도 다수 적발됐다.

재정부는 기업경쟁력 강화를 위해 법인세 세율을 높이지 않는 대신 R&D 세제 지원을 포함해 특정 기업에 몰리는 비과세 감면을 대폭 축소해 조세 형평성을 높일 계획이다. 하지만 지식경제부와 업계에서는 오히려 R&D 세제 지원을 늘려야 한다고 목소리를 내고 있어 제도 정비에 난항도 예상된다.

이와 함께 재정부는 올해 말 종료되는 비과세 감면조항 가운데 중소기업 세제지원책도 정비할 계획이다. 조세특례제한법상 올해 말에 혜택이 끝나는 비과세 감면 조항은 총 96개인데 이 중 △중소기업 투자 세액공제 △창업중소기업 세액감면 △중소기업 창업투자회사 주식양도차익 비과세 등이 대표적이다. 또 2009년 12월 이전 가입자에 한해 적용되는 장기주택마련저축(장마) 비과세 혜택, 성실사업자 의료비 공제도 폐지 여부를 검토할 방침이다.

이상훈 기자 january@donga.com