알 카에다가 일본을 직접 거론하며 테러를 경고하자 일본 치안당국은 고속철도인 신칸센()을 비롯한 모든 철도 노선과 역, 공관 등 주요 시설물에 대해 사상 최대 규모의 경비에 들어갔다.
19일 도쿄 시내 지하철역 구내에 설치된 쓰레기통은 모두 폐쇄됐다. 철도 터널과 변전실 등에 대해서는 경찰 경비견을 동원한 검색이 실시됐으며 순찰도 대폭 강화됐다. 전국의 역전 파출소에는 기동대원이 추가 배치됐다.
열차 승무원도 증원돼 승객의 짐 검사를 강화했다. 경찰은 대형건물에 대해서도 감시 강화를 요청했다. 외무성은 해외여행자들에게 주의를 당부했다.
방위청은 육상자위대 산하에 테러를 전담하는 특수작전군을 창설하기로 했다.
고이즈미 준이치로() 총리는 테러에 대한 불안감이 확산되자 18일 혼란을 일으켜 국민을 불안에 빠뜨리려는 테러분자의 의도에 휘말려서는 안 된다며 민심을 달랬다.
후쿠다 야스오() 관방장관도 (일본을 공격대상으로 지목했다는) 알 카에다 관련 단체의 성명을 신뢰할 수는 없지만 스페인 마드리드 열차 폭탄 테러와 같은 일이 발생할 수도 있는 만큼 철저히 경계하겠다고 말했다.
서방 정보기관들은 이라크전쟁 개시 1주년인 20일을 전후해 미국의 이라크전 동맹국에서 테러가 발생할 가능성이 크다고 보고 있다.