日本政府似乎對韓日警備艇海上對峙事態沒有進一步演變成軍事衝突而達成協定感到萬幸，但強調發生此次事件的原因在於“502神風號”越過日方專屬經濟區（EEZ）並進行非法捕撈，並稱要觀察韓方對神風號的調查等今後處理。
日本官房長官細田博之2日強調“圓滿解決”的必要性說：“不要拘泥於法律上的問題，重要的是應該通過對話，從務實角度妥當處理問題。”他說：“長期以來，日本海上保安廳和韓國海洋警察廳爲了確保兩國邊境海域的安全，從多個領域進行了合作。完全贊同盧武鉉總統合理解決問題的指示。”
據日本媒體報道，在本月末舉行韓日首腦會談之前，兩國政府爲了避免本次事件成爲繼獨島和教科書問題之後的又一個外交衝突局面，做出了外交上的妥協。
東京一位元外交消息人士透露：“海上保安廳起初認爲，神風號越過EEZ，並帶著2名日本巡邏艇執法人員逃往韓國海域，很明顯這是違法行爲。因此應該強烈應對。但後來擔心此事影響韓日關係的外務省方的勸說起到了作用。”另據悉，直到2日上午，海上保安廳還稱，“根據聯合國海洋法，調查權在日方”，並拒絕撤走。
去年，因越過日本EEZ而接受日本當局調查的韓國漁船達27艘，其中5艘因涉嫌進行非法捕撈而被扣留。
朴元在 parkwj@donga.com
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