육군 28사단 윤모 일병 사망 사건이 발생했을 당시 국방부 장관이었던 김관진 대통령국가안보실장이 초기에 상세한 보고를 받은 정황이 국방부 자료에서 드러났다. 민경욱 청와대 대변인은 “김 실장이 당시 구타에 의한 사망으로 보고 받았으나 엽기적인 내용은 없었다”고 전했고, 국방부는 김 실장이 추가 보고를 받지 않아 전모를 알지 못했다고 해명했지만 믿기 어렵다. 13년 만에 발생한 사병 구타 사망 사건에 대해 장관이 후속 보고를 받지 않았다면 상황 인식이나 보고 체계에 심각한 문제가 있었다고 볼 수밖에 없다.
국방부 조사본부는 윤 일병 사망 다음 날인 4월 8일 김 실장에게 ‘중요 사건 보고’를 서면으로 한 데 이어 백낙종 조사본부장이 대면 보고까지 했다. ‘육군 일병, 선임병 폭행에 의한 기도 폐쇄로 사망’이라는 제목의 보고서는 선임병들이 어떻게 폭행했는지 열거하고 ‘지속적으로 폭행 및 가혹행위 한 사실이 확인됨(계속 확인 중)’이라고 명시했다. 이 자료의 보고 대상에는 장관, 차관과 합참의장이 포함돼 있어 군 수뇌부들이 사건을 초기에 인지했음을 시사하고 있다.
김관진 당시 장관이 윤 일병 사망 나흘 뒤인 4월 11일 긴급 대책회의를 열고 전체 군부대의 정밀 진단을 지시한 것도 사안의 심각성 때문일 것이다. 군은 4월 11∼28일 실시한 조사를 통해 구타와 가혹행위 3919건을 적발했다. 그럼에도 군은 28사단 연대장 등 16명에게 솜방망이 징계를 하는 데 그쳤다. 박근혜 대통령이 북한 무인기 침투 사건과 관련해 4월 7일 “군 당국이 전혀 파악하지 못한 것은 문제”라고 강하게 질타한 직후여서 사건을 더 은폐하려 했을 개연성이 있다. 28사단이 사건 이후 장교들의 휴대전화를 수거한 것도 외부로 알려지는 것을 막으려는 조치였을 것으로 추정된다.