相当多的国策研究所因为负责人不合理的运作和专横不断出现内讧，因而造成了研究所运营紊乱，机能瘫痪，和浪费国民血汗税金的结果.国策研究所属于内阁的各个部或总理室.各部门所属的30多个研究机关领导由该部门的长官任命，总理室属下经济社会研究会、人文社会研究会等5个研究会所属的43个研究机关的总负责人是通过公开选拔任命的.
▼现状
在所有的国策研究所中，最近对总理室属下人文社会研究会(理事长：金荣镇）各负责人的批评接连不断.其中的一则具有代表的事例是统一研究院的郭台焕（62）院长.他上月曾贬低湖南人，说：“全罗道人善于背后算计人.”而且他还因为以不合常识的人事、频繁的海外出差等遭到研究员们的抗拒.最近博士级研究员35人展开要求院长下台的运动，现在已演变成完全无法执行正常业务的程度.人文社会研究会就此向郭院长已提出退职的要求，但他仍然继续上班.
最近韩国教育课程评价院已内定教员惩戒裁审委员会委员长金成东（58）为下届院长，消息一经传出之后，教总（韩国教员团体总联合会）和全教组（全国教职员劳动组合）立刻提出撤回该内定方案的要求，因为他在教育部任职期间曾引进不合理的政策，这样的事实说明他的素质有问题.
产业研究院前院长李铣（53）因为对女职员进行性骚扰的风波而在今年7月被不名誉地辞退.青少年开发院院长崔忠玉（50）因为年初对研究人员进行辱骂等不理智的行动而遭到非议.
教育部属下的韩国精神文化研究院院长韩相震（55）作为外奎章阁古文书返还协商的韩方代表，没有能够切实地代言国内学术界“反对交出我国文物寻回外奎章阁文书的‘互换返还方式’”的立场，而且本人因为院长任期的延长问题而遭受到研究院内外要求退职的压力.
据透露，精神文化研究院资深教授委员会（会长刘完彬教授）最近以精神文化研究院教授49人（在籍55人）为对象实施了问卷调查，结果做出回答的32人全部对韩院长的素质和职务表示怀疑.
世宗研究所虽是民间团体，但在外交通商部注册，其理事长和所长的任命必须得到外交通商部长官的批准.该研究所前所长金达中（62）涉嫌滥用公款和不正任用等腐败行为.由于研究员们提出腐败指控，外交部对他进行调查之后，最近任期未满就下台了.
如此这般内部矛盾之中，理事长姜英勋前总理也引咎辞职.接着曾当过西江大学教授和亚太和平财团事务总长的吴淇坪虽然已被选定为下任理事长，但对此研究所周边还是以“降落伞人事”表示由外部调任的不满.
▼原因与对策
有人指出，之所以围绕可称为社会指导层人士的国策研究所机关负责人们噪音不断，这是因为选任过程的不透明.名义上虽然是公开选拔，但实际上常常出现与政权关系密切的人士空降的情况.这一过程中业务实施能力和素质等没有得到充份考验，因而造成这种事情的频繁发生.
实际上他们将更多的心思放在完成为维护政权的政治项目，以取悦持有任命权的政府首长，从而忽略了研究院本身的业务，同时也对研究院的运作也造成不良的影响.
拿精神文化研究院韩院长来说，98年接受任命时，他被认为是现政权的理论家，所以很多人都担心精神文化研究院会脱离韩国学问研究机关的轨道，沦落为政策宣传机关.果然在4月总选之前，精神文化研究院召开了以“386世代的价值观和21世纪的韩国”为主题的研讨会，侧面支持当时执政党推出的386世代总选战略.他由此取得了执政党的赏识，却也同时受到舆论的指责.
由政府出资的研究所总工会， 全国研究专门工会委员长朴龙锡表明：“研究所的代表若恣意运营其组织的话，研究所的信用必然会变得一塌糊涂，”“为对此加以完善，需要增添一种在任期内进行评审的制度.我认为这是迫在眉睫的，必要的措施.”
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