합참과 해군은 작년 11월 대청해전 이후 북한의 은밀한 잠수정 공격 가능성을 예상하고도 대잠(對潛) 태세에 소홀했다. 2함대사령부는 천안함 격침사건 발생 며칠 전부터 북 잠수정의 동향 정보를 전달받았지만 적절히 대응하지 않았다. 감사원은 이런 감사 결과에 따라 천안함 사건에 책임이 있는 이상의 합참의장(대장)과 합참작전본부장(중장), 해군작전사령관(중장), 2함대사령관(소장)을 포함한 장성급 13명 등 25명을 인사조치하라고 국방부에 통보했다.
감사원에 따르면 2함대는 천안함 피격(3월 26일 오후 9시 22분) 6분 뒤 첫 보고를 받고 작전사령부와 합참에 각각 3분, 17분 늦게 보고했다. “어뢰 피격으로 판단된다”는 초기 상황 보고도 상급부대에 알리지 않았다. 오후 11시경 속초함이 빠르게 북상 중이던 ‘미상의 물체’를 발견해 추격 발포했지만 ‘새 떼’로 확인됐다는 군의 발표 내용도 전술지휘통제시스템(KNTDS), 열상감시장비(TOD), 레이더 영상을 통한 정밀조사 결과 새 떼로 결론 내리기 어려웠다고 감사원은 밝혔다. 2함대가 “북의 신형 반잠수정으로 판단된다”는 속초함의 초기 보고를 ‘새 떼’로 바꿔 보고하도록 지시했다는 것이다.
합참 지휘통제실은 2함대로부터 사건 발생 23분 만인 오후 9시 45분경 첫 보고를 받고도 26분, 29분 뒤에야 합참의장과 국방부 장관에게 보고했다. 그것도 모자라 발생 시간을 9시 45분으로 허위 보고하고, 폭발음을 들었다는 사실과 외부 공격 가능성이 있다는 보고를 받고도 상부 보고와 발표 때 감추었다. 군은 국가의 안위가 걸린 중대한 비상상황에서도 보신을 위한 진실 가리기에 급급했던 것이다. 허위보고 및 발표와 보고 누락이 체질화했다고 볼 수밖에 없다. 이런 고질적인 군의 보고체계로 유사시 어떻게 적(敵)을 상대로 작전을 할 수 있을 것인지 걱정이 크다.