对于检察机关就现代商船秘密对北支援2235亿韩元疑惑决定保留调查的举动，连检察机关内部也出现了批评和自嘲的呼声。对于检察机关的这一决定，甚至民主党和总统职务接管委内部也出现了“这是错误决定”的批评声，法律界和市民团体也于4日公布了敦促检察机关撤回决定的声明。
△被搁置的调查部门的建议：准备调查该事件的汉城地检刑事9部调查组直到最后方针被确定下来为止，一直强烈建议决策层全面进行调查。
调查组于上月23日和24日对现代峨山总裁郑梦宪等12名有关人员下达了禁止出境命令，表现出了强硬的调查意志。
2日和3日分别对汉城地检厅长柳昌宗和检察厅厅长金珏泳进行报告时，调查组表明了应进行调查的立场。
汉城地检一位检察官称：“检察机关并非要考虑政治因素的机关，向上级反映了应以犯罪线索为中心展开调查的意见，但看来并未被采纳。”
△公布保留调查决定后检察机关内部的反应：对此，大多数检察官员批评称：“这一次检察机关放弃了原则，选择了政治。”
汉城分厅的一位所长检察官称：“从截止到目前浮出水面的事实看，只要检察机关有调查意志，完全可以查明真相。我担心检察机关作为保留调查的理由所出示的根据在国民看来是否会显得太苍白。”
法务部的某检察官引用中国古代韩非子的《说林篇》中的语句写了一篇对检察机关保留调查的决定表示遗憾的文章，并于4日上传到了法务部内部网络。
另外，还有许多检察官员的反应是“在无法回避的现实情况下，对检察机关决策层所做出的艰难决定表示理解。”
△民主党和接管委内部的批评声：民主党议员咸承熙称：“检察机关不做应做的事情，在察看政界的脸色。如果由检察机关进行调查，只需查明违法行为，但如果通过特检制的方式调查，会公开所有敏感的政策决定过程，有可能会使南北关系或北、美关系面临尴尬。”
在接管委内部，“这并非应由接管委进行讨论的事情”的意见占主导地位，但也有不少人批评称：“检察机关太过于用政治尺度衡量问题，而主张通过特检制查明真相的政界的态度也令人难以理解。”
△市民团体、学术界的批评：律师协会在4日公布的声明中主张称：“现代商船有违法嫌疑，在国民疑惑日益加深的情况下决定保留调查的检察机关无异于放弃了本职义务。我们敦促检察机关查明对北支援牵连者、资金出处、金额、支付途径、支付目的等真相，确保检察机关独立性。”
参与联带常任执行委员长朴元淳律师称：“在《检察厅法》或《刑事诉讼法》中绝对没有什么‘保留调查’的规定。无论在什么时候，真相一定要被查明，检察机关只需根据真相予以保留起诉或不起诉处分。”
经济正义实践市民联合会政策室室长高桂铉批评道：“检察机关对政界察颜观色，如今事情已发展到这种地步，却再次卷入政治旋涡之中，甚至决定保留调查，对此我们感到无比失望。”
汉城大学法律学院安京焕称：“似乎由于检察机关知道在政治上并未获得独立的现实及其限度，所以才做出了这样的决定。但查明真相的工作总要有人去做，且应从国民的立场考虑问题。”
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